아이가 한국에 주민번호가 있으면 한국여권 만드셔야 됩니다.

한국 이민국에서 말하기로는 여권을 두개 다만들고 한국 출국시 한국여권
캐나다 입국시 캐나다 캐나다 여권을 사용하고
반대로 캐나다 출국시 캐나다 여권 한국 입국시 한국 여권 이렇게 사용하라고 권고 하더라구요.
저희 같은 경우는 한국 여권과 캐나다 여권이름이 달라서 걱정했는데 (비행기표 발권시) 그것까지는 검사를 안하더라구요. 계속 그렇게 사용하다가 다만 이번에 한국 여권이 만료되어 캐나다 여권으로만 다녀왔더니 한국입국시 외국인 줄에 서게 되어 시간을 많이 썼어요. 반대로 캐나다로 돌아올때는 당연히 그냥 캐네디언이니 쉽게 통과가 되구요.
비행기표 발권시(아이 이름이 다른경우) 한국에서는 한국여권과 같게하고 캐나다에서 출국시에는 캐나다 이름과 같게 했어요.

사실 권고사항이라 어떤 여권을 사용하든 문제는 없습니다. 다만 댄싱스네일 님께서 말씀하신대로 편의성의 문제가 발생할 수 있습니다. 입국과 출국시 해당국 여권을 사용하라고 권고하는 이유는 입출국 기록 관리의 편의 문제 입니다. 해당국의 입출국 기록으로 인한 복지 및 기타 혜택 문제도 분별하려는 이유가 있습니다.